山階鳥類研究所は、故山階芳麿博士が昭和7（1932）年に私費を投じて東京都渋谷区南平台にある山階家私邸内に建てた鳥類標本館が前身です。昭和17（1942）年には文部省から財団法人の許可を得て、財団法人 山階鳥類研究所を設立しました。

戦後、空襲で山階邸が全焼したにもかかわらず焼け残った山階鳥研は、学問に理解があったアメリカ軍将校の配慮で接収を免れ、小さな建物に動物分類学会、生物地理学会、日本野鳥の会などの学会関係機関が身を寄せて再出発しました。

山階鳥研究所は戦前、戦後を通じて多くの鳥類研究者を育て数々の業績を上げましたが、建物の老朽化、面積の不足、職員の増加、財政の逼迫などの難問が山積し、南平台の敷地を売却、昭和59（1984）年12月、千葉県我孫子市高野山に移転しました。また、昭和61（1986）年に礼宮殿下（現秋篠宮皇嗣殿下）を総裁にお迎えしました。

現在は所蔵標本8万点、図書・資料7万点、組織サンプル・DNAなど2万件、標識データ610万件を擁し、鳥類学の拠点として基礎的な調査・研究を行うとともに、環境省の委託を受けて鳥類標識調査を行っています。また、研究論文を掲載する学術雑誌や、研究活動をわかりやすく紹介するニュースレターを発行して、鳥類学の普及啓蒙活動を行っています。

なお、平成24（2012）年4月1日、法人名が公益財団法人山階鳥類研究所に変更となりました。

令和4（2022）年1月1日、組織再編を行いました。

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写真左）昭和7年設立時の山階家鳥類標本館
写真右）現在の山階鳥類研究所外観